Становление Русской Православной Церкви в Калининградской области стало возможным только в конце 80-х годов ХХ века. Ранее Советская власть делала все возможное для того, чтобы на территории Калининградской области, вошедшей в состав СССР на основании решений Потсдамской конференции, не было ни одного храма, а область была полностью атеистической.

     Милостью Божией с началом перемен в стране у православных калининградцев появилась возможность изменить сложившуюся ситуацию. 23 апреля 1985 г. была официально зарегистрирована первая православная община г. Калининграда, а в 1988 г. было образовано Калининградское благочиние Смоленской епархии. 19 декабря 1986 года состоялось знаковое событие – освящение первого храма, который был посвящен святителю Николаю Чудотворцу. Ярким промежуточным итогом становления православия на калининградской земле стало Великое освящение кафедрального собора Христа Спасителя в г. Калининграде, которое 10 сентября 2006 г. совершил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, находившийся с первым в истории Калининградской области Первосвятительским визитом. В освящении собора принял участие и Президент России В.В. Путин. После избрания правящего архиерея - митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла Святейшим Патриархом Московским и всея Руси, стал вопрос о будущем православия в Калининградской области. 31 марта 2009 года Священный Синод Русской Православной Церкви постановил образовать на территории Калининградской области епархию Русской Православной Церкви. Правящим архиереям вновь образованной епархии определено титуловаться Преосвященными Калининградскими и Балтийскими.

     Священный Синод принял к сведению и одобрил выраженное Святейшим Патриархом Кириллом предложение оставить за ним временное управление Калининградской епархией вплоть до назначения правящего архиерея. На тот же срок за епископом Серафимом, викарием Калининградской епархии, будет сохраняться титул «Балтийский». Усилиями правящего архиерея – Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, духовенства, верующих и всех небезразличных к вере людей Православная Церковь в янтарном крае за прошедшие годы проделала большой путь. На начало 2015 года на территории Калининградской области насчитывается 168 храмов, из них 48 строящихся, 38 часовен. Епархия была разделена на пять благочиний, действует три женских монастыря. В епархии насчитывалось 70 действующих приходов. При этом Церковь продолжала стремительно развиваться. Каждый год в области открывалось несколько новых храмов. Неуклонно растет число верующих.

     21 октября 2016 г. решением Священного Синода Русской Православной Церкви в административных границах Гвардейского, Гусевского, Озёрского и Советского городских округов, а также Краснознаменского, Неманского, Нестеровского, Полесского, Правдинского, Славского и Черняховского районов Калининградской области была образована Черняховская епархия посредством выделения ее из состава Калининградской епархии.
     Правящим архиереем Калининградской епархии с титулом «Калининградский и Балтийский» назначен епископ Балтийский Серафим.
    Также в пределах Калининградской области была образована Калининградская митрополия, включающая в себя Калининградскую и Черняховскую епархии.
     Временное управление Калининградской митрополией оставлено за Патриархом Московским и всея Руси Кириллом.